I 2001 blev der også igen produceret øl på bryggeriet, økologisk naturligvis. Bryggeriet havde en kapacitet på 20 hl pr. bryg, med en årlig brygkapacitet på ca. 2000 hl. I takt med bryggeriets succes og det øgede fokus på specialøl i Danmark, indviede man i 2005 en ny tilbygning med mere tidssvarende bryg- og tappeudstyr.
Af respekt for bryggeriets historie og sjæl står det gamle brygudstyr og malteri stadig uberørt, og er med til at fastholde en traditionsrig og kvalitetsfokuseret produktion med respekt for historien. Desuden kan det lille gamle bryggeri anvendes til produktion af små serier, og til at hjælpe iværksættere, der ønsker at prøve kræfter med at lave deres eget kontraktbryg.
I 2009 begyndte Niels og Nicolai også at producere whisky på Ørbæk Bryggeri, og i 2017 grundlagde de, i Statsbanernes nedlagte værkstedsbygninger ved Nyborg Fjord, Nyborg Destilleri. Her produceres i dag blandt andet prisvindende økologisk whisky, gin og rom.
I 2019 blev Ørbæk Bryggeri og Nyborg Destilleri samlet under én ledelse i virksomheden Naturfrisk Group A/S. Foruden produktion af læskedrikke, øl og spiritus råder virksomheden også over et mindre ejendomsselskab der håndterer virksomhedens bygninger, Restaurant Remisen på Nyborg Destilleri og Skonnerten Fionia, en tomastet skonnert, som ligger i Svendborg havn, og som benyttes til både interne og eksterne arrangementer